بار خدایا! ای آفرینندهٔ آسمان‌ها و زمین! ای دانای نهان و آشکارا! ای بخشایش گر مهربان! بار خدایا! در دار دنیا با تو عهد می‌بندم. بار خدایا! گواهی می‌دهم که البته معبود به حقی جز تو نیست، تو یکتایی و برای تو شریکی نیست. و البته محمد (خدا بر او و آلش درود پیاپی بفرستد) بندهٔ تو و رسول تو است. و البته بهشت راست است. و البته دوزخ راست است. و البته برانگیخته شدن مردگان راست است. و حساب راست است. و قدر راست است و قبر راست است. و ترازوی اعمال راست است. و البته دین همان‌گونه است که وصف فرموده‌ای. و البته اسلام همان‌گونه است که مقرر فرموده‌ای. و البته گفتنی همان است که گفته‌ای. و البته تو خدای ثابت و آشکاری. خدا از جانب ما مسلمانان به محمد (خدا بر او و آلش درود پیاپی بفرستد) بهترین پاداش را عنایت فرماید! و محمد و آل محمد را به سلام تحیت بفرستد!
بار خدایا! ای دل‌خوشی من! هنگام گرفتاری من. وای یار من! هنگام سختی من. و ای ولی‌نعمت من! ای معبودم و ای معبود پدرانم! هیچ‌گاه مرا یک‌چشم به هم زدن، به خودم وامگذار، زیرا اگر به‌اندازهٔ یک‌چشم به هم زدن مرا به خودم واگذاری به شر نزدیک می‌گردم از خیر دور می‌شوم. پس در قبر وحشت مرا به آرامش مبدل ساز! و برای روزی که ترا دیدار می‌کنم - درحالی‌که نامهٔ اعمالم گسترده است - نزد خود عهدی قرار بده که در امان تو باشم.
ستایش خاص خدایی است که او باقی می‌ماند و بس. و ملک او جاوید می‌ماند و بس. او کسی است که به عزت قدرت و بقاء اختصاص دارد و بندگانش را به مرگ و فنا مقهور ساخته است و دادن نعمت‌های ظاهره و باطنه را برعهده‌گرفته. و درود پیاپی بر سید مرسلین و فخر جهان‌ها و شفیع گناهکاران محمدبن‌عبدالله خاتم پیامبران و بر خاندانش که پاکان و شفعای روز جزایند، بالخصوص وصی پیامبر و حبیب او و خلیفه‌اش بر امتش امیرالمؤمنین و اشرف الوصیین.
اما بعد. بالنتیجه این وصیت‌نامه‌ای است که گنه‌کار خطا پیشهٔ لغزش کار کوتاهی کنندهٔ نارسا محمدباقر پسر مولی محمدتقی (نامهٔ اعمالشان به دست راستشان داده شود و آنان با حساب آسان محاسبه شوند) به‌سوی فرزندانش و خویشانش و عشایرش و رفقایش و همشهری‌هایش و دوستانش و سایر مردم باایمان، وصیت کرده است. به آنان وصیت می‌کنم که البته شهادت می‌دهم به اینکه غیرازآن غیب مطلق معبود به حقی نیست. او یکتا است و برای او شریکی نیست. البته محمد سید انبیاء و نخبهٔ اصفیا بندهٔ خدا و فرستادهٔ خدا و پیامبر خدا و دوست خدا و فدایی خدا است. و البته امیرالمؤمنین علیبن‌ابیطالب و امامان یازده‌گانه از نسل او همان‌ها که آخرین ایشان قائم آن‌ها است معصوم‌اند، مطهرند، از جانب خدا و از جانب رسول خدا (صلی‌الله‌علیه‌و‌اله) امامت و خلافتشان منصوص است، و آنان حجت‌های خدایند بر خلق و بعد از سید المرسلین اشرف خلایق‌اند و البته مرگ راست است. و سؤال قبر راست است و برانگیخته شدن مردگان راست است و آمدن به محشر راست است. و رجعتی که فقط طایفهٔ شیعهٔ امامیه به آن قائل‌اند راست است. و البته صراط و ترازوی اعمال و حساب و بهشت و دوزخ راست است. و (البته جمیع آنچه را که پیامبر (صلی‌الله‌علیه‌و‌اله) آورده است همان‌گونه که خود بیان فرموده و اوصیاء آن حضرت (علیهم‌السلام) واضح ساخته‌اند راست است. و البته خدا همان غیب مطلق ثابت و آشکار است. بر آن اقاریر زندگی می‌کنم و بر آن می‌میرم و بر آن زنده می‌شوم (ان‌شاءالله)
سپس مسلمانان و خود خطای کارم را سفارش می‌کنم به تقوای خدا متابعت فرمان‌های خدا و دوری از خشم‌گاه‌های خدا و توکل بر خدا در جمیع امور دنیا و دین و تمسک بریسمان محکم خدا یعنی پیروی آثار ائمه طاهرین (علیهم‌السلام) و به کوشش تمام در نشر آثار امامان و ترویج اخبار آنان – چه آنکه در این زمان وسیله‌ای نمی‌دانم که بتوان به درجات عالیه و سعادات باقیه دست یافت که محکم‌تر از آن آثار و اخبار باشد. و علی التحقیق آنچه از راه‌های نجات به برکات ائمه هدی بر من آشکار شد در تصانیف عربی و فارسی خودم به‌اندازه‌ای که برای طالب حق و یقین کفایت کند، بیان کردم – بالخصوص در دو رسالهٔ عقاید و (کتاب) حق الیقین خودم (و لاحول و لا قوة الا بالله العلی العظیم)
سپس البته من فرزندانم را سفارش می‌کنم به موافقت باهم و رحم و عطوفت با یکدیگر. و اینکه کوچک‌ترشان احترام بزرگ‌ترشان را رعایت کند، و بزرگ‌ترشان بر کوچک‌ترشان مهربانی کند. و در هیچ‌چیزی از کارهایشان اختلاف نکنند که بالنتیجه دشمنانشان بر آنان چیره می‌شوند.
و قرار دادم ولایت فرزندان خردسالانم را و ادای دیونم را و عمل به وصایایم را با نور چشمم و پاره‌جگرم محمدرضا به نظارت دو فاضل عالم عامل زیرک و پرهیزکار دوست دلم و پسر برادرم مولانا محمد نصیر و سید نیرومند علامه امیرمحمد صالح – با حضور هر دو و اگر هر دو حاضر نباشند هرکدام که حاضر بودند. پس باید وصی و دو ناظر توافق کنند و باید تراضی نمایند و اهتمام کنند محض خدای تعالی و برای رعایت بعض حق‌ها که بر آنان دارم اگر معترف‌اند که البته برای من حقی بر ذمهٔ آنان است.
موارد وصیت
1 - پس وصیت اول من به آنان رعایت اولاد صغیر من و تعلیم آنان و تربیت ایشان است با لطف و رفق و تنگ نگرفتن امر زندگانی بر آنان است.
2 - سپس پرداختن قرض‌های من است که نزد آنان مظنون است و اگرچه برحسب موازین شرعی اثبات نشده باشد و باید در ابراء ذمهٔ من از حق‌های خدای تعالی و حق‌های مردم کوشش خود را بکار برند.
3 - و دوست می‌دارم که اگر در شهر اصفهان مردم مرا در جوار پدرم (خدا روح او را پاکیزه کناد) دفن کنند اگر مکانی مناسب میسر شود و اگرچه به برداشتن صفهای باشد که به خارج مفتوح است تا حدی که احداث قبر و لحدی در آن ممکن شود، به طریقی که به آنچه زیر آن است ضرری نرساند. یا در میان گنبد مقابل قبر پدرم در محلی که آقا جلال معرف برادر دینی من (وفقه الله) می‌داند. و اگر ممکن شود خرید مکانی نزدیک به مدفن پدرم (روانش پاکیزه باد) مانند خانهٔ حکیم که سید حسین‌علی پسر خواهرم آن را گرفته است ـ زیرا امکان دارد از بالای شارع یا زیر آن راهی به یکدیگر احداث کنند ـ در این صورت باید بخرند و وقف نمایند برای مدفن من و مدفن فرزندانم و خویشانم.
4 - سپس البته تصانیف خودم را هر آنچه به خط خودم است خواه کل آن به خط من باشد یا بعض آن یعنی نسخه‌های اصل را بر کافهٔ مؤمنین وقف نمودم: خواه آن تصانیف عربی باشد یا فارسی و همچنین نسخه‌هایی که از روی آن برای مردم نسخه برداشته‌ام و تولیت آن‌ها را به اصلح اولاد اولاد ذکورم تفویض کردم سپس به اصلح اولاد ذکورم و با تساوی در صلاح پس تولیت با اعلم است با تقدم طبقهٔ اعلی بر اسفل – اما مرادم از صالح صالحی است که آن نسخه‌ها را ضبط کند و به مستحق آن‌ها برساند.
و با فقد صالح بنی اولاد ذکور و اولاد اولاد آن‌ها (و العیاذ بالله) پس تولیت مفوض است به اصلح اولاد برادرانم سپس به اصلح اولاد دخترانم سپس به اصلح اولاد خواهرانم. و با نبودن آنان (والعیاذ بالله) پس امر تولیت مفوض است به عالم محدث موافق با مسلک من از شاگردانم: خواه با واسطه شاگردم باشد یا بی‌واسطه و با تعدد و اشتباه در اصلح یا نزاع در جمیع مراتب مزبوره پس تولیت مفوض است به کسی که قرعهٔ شرعیه او را معین می‌سازد.
و بازنده بودن فرزند عزیز صالح ملأ محمدرضا برای متولی سزاوار است که کتاب‌ها را از دست او نگیرد زیرا البته او به مواقع کتاب‌ها شناساتر است.
5 - و از فرزندانم خواهش می‌کنم که آنان را که از قدیم با من مصاحب بوده‌اند ترک نکنند، و در امور خود کسی را دخالت ندهند که نه عهد دارد و نه وفا و نه اندرز می‌دهد.
6 - و همین‌گونه تولیت کتاب‌هایی را که از درآمد حمام وقف نمودم همان حمامی که سلطان نیکوکار آمرزیده شاه سلیمان (خدا وی را در بالاترین غرفه‌های بهشت جای دهد) وقف فرموده، به گروه مذکور به ترتیب مسطور تفویض کردم.
7 - و همین‌گونه تولیت جمیع کتاب‌هایی که در ابتدا از من بوده یا بعد از رحلت پدرم (خدا قبرش را نورانی سازد) با من بوده مثل کتاب‌های حدیث از حافظ کاظم و کتاب‌های حدیث از سید محمدعلی (رحمت خدا بر آن دو) و کتاب‌های حدیث از سید نیکوکار شاه ابوتراب (خدا وی را با ائمه طاهرین محشور فرماید) و کتاب‌های سید بزرگوار سید حسن از آل براق (خدا روحش را شاد فرماید) و کتاب‌های میرزا غیاث و غیرها و کتاب‌های پدرم علامه (خدا مقامش را بلند کناد) یعنی کتاب تهذیب طی دو مجلد که محققاً چند بار با نسخه شیخ بهایی مقابله گردیده و مجلد اول از کتاب کافی و کتاب فقیه و کتاب رجال سید مصطفی (خدا او را رحمت کناد) که پدرم به خط شریف خود بر آن حاشیه‌ها نوشته و هر آنچه از تصانیف پدرم (خدا ملکوت او را پاکیزه کناد) به خط خود اوست از عربی و فارسی کل آن‌ها بر کافهٔ مؤمنین وقف است و همین‌گونه صحیفهٔ کامله که به خط پدرم است و مجموعهٔ مشتمل بر اشعار و غیرها که به خط پدرم است - و در جمیع آنچه ذکر شد تولیت به ترتیب مذکور است.
و همین‌گونه هر قرآنی یا کتاب صحیفه‌ای یا دیگر کتاب‌ها که من بر آن‌ها سمت نظارت داشتم یا در آن‌ها سمت تولیت داشتم مگر موقوفه‌ای که برخلاف ترتیب مذکور شرطی داشته باشد که در این صورت باید به‌مقتضای شرط رفتار شود.
املاک موقوفه
1 - ملک کربکندی بر مصارف بریه وقف است پس باید درآمد آن جمع‌آوری شود و در شب‌های جمعه و روزهای جمعه و بقیهٔ اوقات شریفهٔ دیگر صرف فقراء و مساکین از سادات و دیگران بشود.
2 - و همین‌گونه درآمد زمینی که در حوالی اشکاوند است که از اوقاف جدهٔ فرزندم محمدرضا است.
3 - و درآمد کاروانسرای واقع در تل عاشقان مصارفش در وقفت معلوم است.
و سایر وصایا را در ورقه دیگری نوشتم و آن را در جوف همین ورقهٔ وصیت‌نامه گذاردم و جمیع آن‌ها به خط خود من است و مهر من بر آن‌ها است، پس هرکس بعدازاینکه وصیت‌نامهٔ مرا شنید آن را تبدیل کند پس جز این نیست که گناه تبدیل بر عهده کسانی است که آن را تبدیل می‌کنند.
این وصیت‌نامه در بیستم از شعبان المعظم سال یک هزار و یک‌صد و هشت نگاشته شد.